En el PGOU vigente, el templo está catalogado con el grado 0 de protección, que es la máxima después de BIC (Bien de Interés cultural), “por lo que el Ayuntamiento de Cádiz quiere colaborar en su mantenimiento, tal y como lo viene haciendo desde hace años”.
La comunidad franciscana tiene intención de continuar las obras de mantenimiento de la Iglesia, consistentes en el arreglo del exterior de la cúpula principal o cimborrio de la iglesia, y la restauración del interior de la cúpula de una capilla de la misma. Estos trabajos cuentan con un presupuesto de 310.208,33 euros, cantidad que aporta en su totalidad el Ayuntamiento de Cádiz.
El Consistorio gaditano, dentro del programa de actuaciones para la celebración del Bicentenario de la Constitución de 1812, necesita instalaciones como las que posee el convento para la realización de actividades culturales como exposiciones, conferencias, para lo cual quiere colaborar en su conservación y mejora.
