Así, esta comisión tuvo como primer objetivo el de regular las cuotas que cada país podría cazar a partir de entonces, para evitar una ruptura de precios del aceite, y por tanto evitar una ruptura del mercado de la ballena (sería una agrupación de países a imagen de lo que hoy podría ser la OPEP).
A partir de los años 80, debido al estado de los stocks de ballenas a nivel planetario, con más de una especie prácticamente desaparecida, diversos grupos ecologistas, liderados principalmente por Greenpeace, consiguen la primera gran victoria del ecologismo a nivel mundial, y así en 1985-1986, se promulga una moratoria de 5 años, para poder regular las cuotas que los países cazadores de ballenas (entre los que se encontraba España) podrían cazar, para asegurar una sostenibilidad en las poblaciones de ballenas a nivel planetario. Estas cuotas se calcularían a partir del llamado RMP (Regional Management Procedure), y sería desarrollado por el Comité científico asociado a la Comisión. Pasados los 5 años iniciales se presentó dicho plan de gestión (o RMP), y fue rechazado por los "Países Conservadores", que reclamaron una moratoria de 5 años más.
Desde entonces, dicha moratoria ha continuado, y Japón decidió utilizar la conocida argucia legal de caza científica, a través de dos programas de investigación (Los JARPA I y II), para poder cazar y distribuir localmente carne de ballena. La situación sigue desde entonces totalmente bloqueada y países como Japón o Islandia, dudan de la necesidad de seguir estando incluidos en la Comisión, al haber, desde su punto de vista, perdido los objetivos para los que fue creada inicialmente.
Esto ha llevado a la situación actual, en la que habría dos posturas totalmente diferenciadas, y prácticamente irreconciliables. Por un lado, los países conservadores estarían a favor de continuar en la situación actual. Por otro lado, países cazadores de ballenas, como Japón desean conseguir cazar ballenas (incluso a niveles más bajos de lo que lo hacen actualmente con la caza científica). Como se puede apreciar, la situación es totalmente insostenible, y ello podría llevar a Japón a dejar la Comisión Internacional Ballenera, por lo que sus actividades quedarían totalmente desconocidas. Es por ello, que este año, diversos países están intentando llegar a un acuerdo, que consiga acercar las posturas de todos los países, y permita así que las poblaciones de cetáceos sean sostenibles en el tiempo.
Actualmente, y probablemente se escriba mucho al respecto en estos días, la propuesta de consenso que hay en la mesa es la de normalizar la mal llamada caza científica, y reducir sus cuotas, por un lado, para Japón, Islandia y Noruega, a la vez que no se anula la Moratoria comentada anteriormente. Aunque parezca una medida un poco incongruente, tiene su sentido, al evitar así que cualquier país pudiese iniciar de nueva caza ballenera. Esta acuerdo tendría una duración de 10 años, fecha en la que se revisaría el mismo.
